 |
| ||||||
| |||||||
| / Каталог / Реагенты для научных исследований / Антитела | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Антитела к регуляторам транскрипцииКомпания СантаКруз предлагает широкий выбор антител к регуляторам транскрипцииКомплекс AP-1Фактор транскрипции AP-1 (активаторный белок-1) состоит из гомодимеров Jun или из гетеродимерных комплексов Jun/ Fos, которые связываются с палиндромной последовательностью TRE TGA(C/G)TCA. Семейство Jun включает c-Jun, Jun B и Jun D, семейство Fos включает c-Fos, Fos B, Fra-1 и Fra-2. К тому же некоторые белки ATF/CREB формируют димеры лейциновых зипперов с Fos или Jun. Компоненты фактора транскрипции AP-1 регулируются путем фосфорилирования и химического оксидирования специфических цистеиновых остатков, связанных с ДНК-связывающими доменами Fos и Jun. Оксидирование может быть обратимо с помощью клеточного окислительно-восстановительного фактора-1 (Ref-1 redox factor-1). JAB1 (Jun-activation domain-binding protein-1) усиливает транскрипцию как c-Jun, так и Jun B. Факторы транскрипции APФакторы транскрипции AP-2, включая AP-2α, AP-2β и AP-2γ, специфически связываются с консенсусной последовательностью ДНК 5-GCCCGCGGCCC-3 для инициации транскрипции селективных генов. Факторы транскрипции AP-2 играют важную роль в развитии эктодермальных тканей. Продукт альтернативного сплайсинга мРНК гена AP-2α кодирует AP-2β, который ингибирует активность AP-2. Продукты генов AP-2α, AP-2β и AP-2γ составляют фактор транскрипции OB2-1. OP2-1 активирует c-ErbB-2, который сверхэкспрессируется в 25-30% рака груди. Повсеместно экспрессируемый фактор транскрипции AP-4 специфически связывается с консенсусной последовательностью ДНК 5-CAGCTG-3. AP-4 взаимодействует с промоторами генов семейства иммуноглобулина-κ и вирус SV40. AP-4 может усиливать транскрипцию гена болезни хантингтона. AP-4 несет домен спираль-петля-спираль, который содержит два различных лейциновых элемента.
Семейство факторов транскрипции C/EBPC/ EBP (CCAAT-enhancer binding protein) - это термостойкий фактор транскрипции, связывающийся со специфическими последовательностями ДНК, который изначально был выделен из ядер клеток печени крыс. C/EBP связывается с ДНК посредством двустороннего структурного мотива и функционирует исключительно в терминально-дифференцированных клетках с арестом роста. Другие члены семейства представлены С/EBPβ, C/EBPγ, C/EBPδ и C/EBPε, все они связываются с ДНК сходным с C/EBCα образом. Более того, C/EBPβ и C/EBPδ легко формируют гетеродимеры друг с другом, а также с C/EBPα.
Белки NABКонтроль транскрипции основан на взаимодействии ДНК-связанных факторов транскрипции, таких как Egr-1/NGFI-A и Krox20, и транскорегуляторных белков, таких как NAB (для белков, связывающих NGFI-A). Эволюционно консервативные белки NAB, NAB1 и NAB2, являются корепрессорами Egr-1/NGFI-A и Krox20. Как NAB1, так и NAB2 содержат N-терминальный консервативный домен 1 NAB (NCD1), который требуется для связывания NGFI-A, и С-терминальный домен NCD2, который ответственен за репрессорные функции белков NAB. Белки NAB локализованы в ядре и влияют на клеточное деление, дифференциацию и апоптоз.
UBFUBF (upstream binding factor) связываются с элементами ДНК посредством промотора гена РНК и энхансерных областей и непосредственно связывается с РНК-полимеразой I, прикрепляя ее к комплексу промотора. Два белка UBF, весом 97 kDa (UBF1) и 94 kDa (UBF2), образуются в результате альтернативного сплайсинга одного гена. CaKM-зависимая протеинкиназа II (CaM kinase II) фосфорилирует С-конец UBF по сериновым остаткам и регулирует их активность. Rb, продукт гена ретинобластомы, ингибирует активность UBF, если только он не связан с членами семейства E2F.
Krueppel-подобные факторыKLF6, также называемый Zf6 или CPBP (коровый промотор-связывающий белок), KLF3 и KLF15 - факторы транскрипции, содержащие Krueppel-подобные цинковые пальцы. KLF6 - быстро индуцируется в процессе активации звездчатых клеток печени и трансактивирует репотерный ген, запускаемый промотором коллагена I. Предполагается, что KLF6 играет роль в ответах на повреждение тканей. KLF3 может играть роль в гомопоэзе. KLF15 - активатор транскрипции, который связывает промотор CLCNKA. KLF15 экспрессируется преимущественно в клетках печени, сердца, скелетных мышцах и почках.
Семейство генов ATF/CREBСемейство генов ATF/CREB представлено факторами транскрипции, несущими лейциновые застежки (bZIP), которые функционируют путем связывания с участками, регулируемыми cAMP (CRE), содержащими палиндромную последовательность TGACCTCA. Наиболее хорошо изученные члены семейства включают CREB-1, CREB-2, CRE-BPa, LZIP, CREM-1, CREM-2, ATF-1, ATF-2, ATF-3, ATF-5, ATF-6 и ATF-7. Для этих факторов транскрипции характерно наличие терминальных лейциновых застежек и основных доменов связывания ДНК, при этом они очень вариабельны в своем N-конце. Хотя каждый из белков ATF/CREB связывает участки CRE в гомодимерной форме, они также могут формировать гетеродимеры как с представителями семейства ATF/CREB, так и с членами семейства факторов транскрипции AP-1. Альтернативные промоторы, сайты инициации трансляции и множественные альтернативные сплайсинговые варианты кодируют некоторые изоформы CREM, которые из которых функционируют как активаторы или репрессоры транскрипции. В результате альтернативного сплайсинга гена CREB образуются два транскриптных варианта, кодирующих различные изоформы.
Белки p300, CBP, JMYp300 и CBP - большие ядерные белки, которые кодируются двумя различными генами, имеющими сходные последовательности, и повсеместно экспрессируются в клетках млекопитающих. Оба белка взаимодействуют с рядом активаторов и репрессоров транскрипции, контролируют транскрипцию на хроматине, участвуют в p53-опосредованном апоптозе и в терминальной дифференциации некоторых типов тканей. Кроме того, данные белки обладают истинной ацетилтрансферазной активностью и могут регулировать транскрипцию, контролирую ацетилирование, увеличивать ДНК-связывающую активность и принимать участие в ремоделировании хроматина. JMY - это ядерный кофактор для p300, который совместно с p300 усиливает активность p53 в ответ на клеточный стресс.
Белок промиелоцитарного лейкоза
Реаранжировка генов генов, кодирующих рецептор α ретиноидной кислоты (RARα) и фактор транскрипции PML происходит практически во всех случаях промиелоцитарных лейкозов (APLs). Эти хромосомные аберрации происходят вследствие сбалансированной и реципрокной транслокации между геном PML на хромосоме 15 и геном RARα на хромосоме 17 и приводят к экспрессии химерных белков PML/RARα и RAR/PML. PML/RARα участвуют в формировании злокачественных опухолей путем доминантного негативного ингибитора PML. Новые субъядерные органеллы, названные PODs (онкогенные домены PML). Экспрессия PML/RARα в клетках, пораженных промиелоцитарным лейкозом, разрушает PODs, что позволяет предположить, что данные структуры участвуют в дифференцировке миелоцита и малигнизации. PRAM-1, или PML-RARA, имеет структурную гомологию с FYN-связывающим белком FYN/SLAP-130, который принимает участие в передаче сигналов Т-клеточных рецепторов. PRAM-1 экспрессируется при миелопоэзе. В клетках, пораженных промиелоцитарным лейкозом, PRAM-1 регулируется рецептором α PML-RA.
Семейство Sp1-подобных белковSp1 - сайт-специфический фактор транскрипции, который распознает 5-GGGGCGGGGC-3 и близко родственные последовательности, которые часто называют GC-боксами. Изначально Sp1 идентифицирован как фактор клеток HeLa, который выборочно активирует транскрипцию in vitro промотора SV40 и связывает многочисленные GC-боксы в 21-bp повторяющихся элементах в SV40. Регуляция транскрипции с помощью фактора Sp1 зависит от трех структур с цинковыми пальцами, ответственных за связывание ДНК. Помимо Sp1 семейство включает Sp2, Sp3 (SPR-2) и Sp4 (SPR-1).
Семейство EgrНекоторые гены раннего ответа активируются в клетках, стимулированных сывороткой и факторами роста. Гены раннего ответа кодируют ядерные белки Egr-1 (NGFI-1), Egr-2 (Krox20), Egr-3 и Egr-4 (NGFI-C), которые содержат ДНК-связывающие домены цинковых пальцев, похожий на домен цинкового пальца у транскрипционного фактора Sp1. Белки Egr участвуют в регуляции транскрипции при клеточном росте, дифференциации и функционировании. Ядерный белок рака Вильмса (WT) - это антионкоген, структурно родственный семейству Egr.
Фактор транскрипции EtsФакторы транскрипции семейства Ets - это ДНК-связывающие белки, которые участвуют в развитии и активности лимфоидных тканей. Это семейство включает Ets-1, Ets-2, Ets-1-3, Elk-1, Elf-1, Elf-5, NERF, PU.1, PEA3, ERM, FEV, ER8I, Fli-1, TEL, Spi-B, ESE-1, ESE-3A, Net, ABT1 и ERF. Белки семейства Ets - мономерные факторы транскрипции, которые связывают сайт ДНК GGA (A/T) через уникальный мотив спираль-петля-спираль, известный как Ets-домен. Способность факторов транскрипции Ets связывать ДНК и активировать транскрипцию зависит от фосфорилирования. Белки PU-1 , Spi-B, Spi-C, близко родственные членам семейства Ets, несут консервативную расходящуюся последовательность с доменом Ets, который позволяет этим белкам связывать сайты AGAA. ABT1 (активатор базальной транскрипции 1) - ядерный белок, ассоциированный с TATA-связывающим белком (TBP) и ERF (Ets-2 repressor factor), является повсеместно экспрессируемым репрессором транскрипции.
Семейство факторов транскрипции StatStats (сигнальные трансдукторы и активаторы транскрипции) - это факторы транскрипции, фосфорилированные по тирозину, активируемые семейсвом киназ JAK. Различные лиганды, включая интерфероны и факторы роста, индуцируют актвацию киназ JAK, которые в свою очередь запускают активацию Stat. Stat1 и Stat2 активируются IFN-α с формированием гетеродимера, который является частью транскрипционного комплекса ISGF-3. Stat3α активируется EGF. Stat3β активируется EGF и IL-6. Повышенная экспрессия Stat4 характерна для семенников и миелоидных клеток. IL-12 является активатором Stat4. Stat5 активируется пролактином и IL-3. Stat6 участвует в сигнальных путях, активируемых IL-4. GAS/ISRE также известны как сайты связывания Stat.
Факторы транскрипции E2FКлеточные факторы транскрипции E2F-1 представляют собой мишень для белка-супрессора опухолей Rb p110. Последовательности, гомологичные сайтам связывания E2F присутствуют у ряда генов, которые кодируют белки, участвующие в G1/S-переходе. Члены семейства E2F включают E2F-1, E2F-2, E2F-3, E2F-4, E2F-5, E2F-6, DP-1, DP-2. Каждый белок из семейства E2F димеризуется с белком DP-1 для формирования активного транскрипционного комплекса E2F. Члены семейства E2F частично регулируются путем взаимодействия с одним или несколькими ядерными белками, имеющими домен типа «карман», Rb p110, p107 и p130. E2F-6 является репрессором транскрипции, не зависимым от Rb p110, p107 и p130.
Семейство белков ETOETO (MTG8) и ETO-2 (MTG16) - члены семейства факторов транскрипции ETO, несут четыре консервативных домена (домены I-III и домен «цинковый палец»). Димер II необходим для димеризации членов семейства. ETO и ETO-2 могут функционировать в качестве посредников взаимодействия ДНК-связывающих белков и регуляторов транскрипции, таких как N-CoR. Взаимодействие ETO с комплексом N-CoR/mSin3/HDAC1 приводит к репрессии транскрипции. В результате транслокации хромосомы (8;21) образуется онкобелок AML-1/ETO, который состоит из 177 первых аминокислот AML-1 и 30 первых аминокислот ETO. Экспрессия AML-1/ETO наблюдается в 12-15% случаев острого миелобластного лейкоза, подтипа M2.
Мышечно-специфические факторы транскрипцииДифференциация миогенных клеток регулируется многочисленными позитивными и негативными регуляторами. Одно из хорошо известных семейств белков, характеризующихся наличием домена петля-спираль-петля, играет важную роль в развитии мышечных клеток и включает MyoD, миогенин, Myf-5, Myf-6 и мускулин (MyoR). Члены этой группы факторов транскрипции формируют гетеродимеры с продуктами наиболее экспрессируемой группы генов bHLH, семейством E, которое состоит, по крайней мере, из трех различных генов: E2A, IF2 и HEB. Ген E2A кодирует по меньшей мере 2 разных белка: E12 и E17 путем альтернативного сплайсинга. Семейство миоцит-специфического связывающего фактора-2 (MEF-2) включает четыре сплайсиговых варианта: A, B, C, D, которые кодируют специфические ДНК-связывающие белки, которые распознают последовательности, богатые A/T [CTA (A/T)4 TAG], расположенные в контрольных регионах множества мышечно-специфичных генов.
SRF (serum response factor)Фактор транскрипции SRF связывается с SRE (serum response element) - последовательностью, которая опосредует ответ многих клеточных генов на стимуляцию роста. Для c-Fos SRE формирование тройного комплекса, содержащего SRF и его вспомогательный белок TCF p62 необходимо для сигнальной трансдукции. Два родственных белка, имеющих домен Ets, Elk и вспомогательный белок SRF (SAP-1) характеризуются способностями связывания ДНК аналогичными таковым у TCF p62. Elk-1 и SAP-1 содержат два гомологичных домена, N-концевые регионы которых, домен Ets (бокс А) и бокс В, участвуют в формировании тройного комплекса с SRF. SRE-ZEP - дополнительный транскрипционный фактор, который специфически связывается с регуляторными участками SRE.
Белки SREBPРецептор липопротеида низкой плотности (LDL) опосредует перенос путем эндоцитоза холестерин-связывающих липопротеинов, таким образом, контролируя уровень холестерина в клетках и плазме. Транскрипция рецептора LDL контролируется стерол регулирующим элементов-1 (SRE-1). SRE-связывающие белки (SREBP) включают два основных фактора транскрипции с доменами петля-спираль-петля-лейциновый зипперт (bHLH-Zip), названных SREBP-1 и SREBP-2. SREBP-1 (ADD1) существует в двух изоформах, p125 и p68. SREBP-1 и SREBP-2 в норме экспрессируются в небольших количествах, их экспрессия возрастает при уменьшении уровня холестерина.
Факторы транскрипции NF-E2 и MafЯдерный ДНК-связывающий комплекс NF-E2 - это фактор транскрипции с основной лейциновой застежкой (bZIP), который является регулятором транскрипции многих эритроид-специфичных генов. NF-E2 регулирует экспрессию генов глобина при развитии эритроидных клеток. Nrf 1, 2 и 3 являются членами семейства NF-E2, которые регулируют ферменты, вовлеченные в ответ на окислительный стресс. Важнейший член NF-E2, NF-E2 p45 функционирует как гетеродимер. MafF, MafG и MafK, члены родственного семейства факторов транскрипции bZIP Maf, димеризуются с NF-E2 p45 и функционируют как компоненты комплекса NF-E2. Другие члены семейства Maf , включая v-Maf, c-Maf, MafA, MafB и Nrl, в дифференциации и регуляции специфических типов клеток.
Фактор транскрипции CBFССААТ-связывающий фактор CBF (также называемый NFY или CP1) - это гетеродимерный фактор транскрипции, который специфически связывается с последовательностью CCAAT, присутствующей во многих генах эукариот. CBF состоит из трех субъединиц, CBF-A, CBF-B, CBF-C. Все три компонента необходимы для связывания ДНК.
Факторы транскрипции NFATСемейство факторов транскрипции NFAT (ядерный фактор активации Т-клеток) включают цитоплазматические факторы транскрипции NFAT (NFATc1, NFATc2, NFATc3, NFATc4 и NFATc5) и ядерные факторы транскрипции NFAT (NFATn). NFATc1 присутствует в неиндуцированных клетках и располагается в ядре. NFATc3 предпочтительно экспрессируется в вилочковой железе и может принимать участие в регуляции экспрессии генов Т-клеток и незрелых тимоцитов. В основном NFATs вовлечены в регуляцию функционирования промоторов цитокинов.
Фактор транскрипции NFκBФактор транскрипции NFκB - это комплекс белков, состоящий из ДНК-связывающей субъединицы, весом 65 kDa, и ассоциированного с ней белка, весом 50kDa. Субъединица весом 65 kDa, называемая Rel A, функционально родственный c-Rel p75 и RelB p68. Субъединица p50 происходит из N-конца предшественника, называемого p105. Второй белок p52 происходит из предшественника p100 и может быть альтернативой p50 в гетеродимере NFκB.
Семейство генов IκBЧлены семейства IκB включают IκB-α (IKBA, MAD-3, NFKBI), IκB-β, IκB-γ (IKBB, TRIP9), IκB-ε (IκBE) и IκBξ (IKBZ, INAP, MAIL). Члены семейства IκB избирательно ингибируют активность связывания ДНК в различных гомодимерных и гетеродимерных комплексах NFκB. Функционально родственный белок Bcl-3 сверхэкспрессируется при хронической лимфоцитарной лейкемии. Фосфорилирование сериновых остатков белков IκB киназами отмечают их для разрушения убиувитиновым путем, и, таким образом, открывая пути для активации комплекса NFκB.
USF-1/USF-2USF (ubiquitously expressed cellular upstream stimulatory factor) состоит из полипептидов USF-1, весом 43 kDa и USF-2, весом 44 kDa, которые независимо активируют сайт-специфическое связывание ДНК. Белки USF - члены семейства c-Myc-родственных регуляторных факторов, содержащих домен спираль-петля-спираль и лейциновые повторы. Экспрессия USF-1 и USF-2 происходит повсеместно, но уровень гомо- и гетеродимеров USF в различных типах клеток различаются. Эти открытия, а также данные о взаимодействии USF и TFII-I, позволяют предположить более значительное участие USF в регуляции транскрипции.
Семейство регуляторных факторов интерферонов (IRF)Регуляторный фактор интерферонов-1 (IRF-1) и IRF-2 - это ДНК-связывающие факторы, регулирующие оба интерферона типа I (интерферон-α и интерферон-β) и гены, индуцирующие интерферон. Два фактора структурно родственны, особенно в их N-концевом регионе, который отвечает за специфику связывания ДНК. Кроме того, IRF-1 и IRF-2 связываются с одними последовательностями промоторов генов интерферона-α и интерферона-β. IRF-1 функционирует как активатор транскрипции интерферонов, в то время как IRF-2, связываясь с теми же cis-элементами, подавляет активность IRF-1. ШКА-1 и IRF-2 функционируют взаимно антагонистическим путем в регуляции клеточного роста. Сверхэкспрессия репрессора IRF-2 приводит к трансформации клеток, в то время как сопутствующая сверхэкспрессия IRF-1 приводит к реверсии. IRF-1 и IRF-2 - члены большого семейства ДНК-связывающих белков, которое включает IRF-3, IRF-4 (ICSAT у людей, Pip или LSIRF у мышей), IRF-5, IRF-7, ISGF-γ p48 (компонент комплекса ISGF-3, весом 48 kDa) и ICSBP.
Репрессор транскрипции mSin3mSin3A, mSin3A9 и mSin3B - белки млекопитающих, гомологи репрессора Sin3 у дрожжей. Все они несут последовательность, гомологичную с Sin3, которая включает четыре парных амфипатических спиральных доменов (PAH), и связывается специфически с Mad1 и Mxi 1 (Mad 2). Mad-Max и mSin формируют тройной комплекс в растворе, который специфически распознает Mad-Max ДНК-связывающий элемент. Гетеродимерные комплексы Mad-Max могут подавлять транскрипцию, связывая mSin и ДНК, как корепрессоры путем высоко консервативного механизма.
FAST-1 и FAST-2Фактор xFAST-1 у Xenopus (forkhead activin signal transducer-1) формирует комплекс с рецептором-регулятором Smad, белком Smad2 и напрямую связывается с элементами активинового ответа на ДНК. Гомологи млекопитающих FAST-1 и FAST-2 имеет значительную гомологию с xFAST-1, и оба они связывают белки Smad, в том числе Smad2 и Smad4. Связвыние с ДНК FAST-1 и FAST-2 подавляется TGFβ.
Семейство генов Myc/Max/MadСемейство Myc представлено факторами ядерной транскрипции, которые вносят значительный вклад в пролиферацию клеток, трансформацию клеток, дифференциацию и апоптоз. Семейство клеточных онкогенов Myc включает c-Myc, N-Myc, L-Myc, S-Myc и B-Myc. Члены семейства генов активируют транскрипцию, являясь частью гетеродимерного комплекса с рядом взаимодействующих белков, включая членов семейств Max и Mad. Гетеродимеры Myc-Max напрямую регулирует экспрессию генов путем специфического связывания с последовательностью CACGTG. с-Myc опосредует репрессию генов, ингибируя ДНК-связывающий белок Miz-1 - ингибитор клеточного роста. Mnt и Mix регулируют активность Myc путем формирования гетеродимеров с Max и Mad соответственно для подавления Myc-индуцированной активации транскрипции. Семейство SmadГомологи Mad гена Drosophila у млекопитающих включают Smad1 (Madr1 или JV4-1), Smad2 (Madr2 или JV18-1), Smad3, Smad4 (DPC4), Smad5, Smad6, Smad7 и Smad8 (или Smad9). Smad1 и Smad5 являются эффекторами функционирования BMP2 и BMP4, в то время как Smad2 и Smad3 участвуют в TGFβ и активин-опосредованной модуляции роста. Smad4 необходим FAST-1 для связывания ДНК. Smad6 и Smad7 регулируют ответ на сигнал активин/ TGFβ, влияя на TGFβ-фосфорилирование других членов семейства Smad.
Семейство ядерных факторов клеток печениСемейство ядерных факторов печени включает HNF-1 (α и β), HNF-3 (α, β и γ), HNF-4 (α и γ) и HNF-6. Различные изоформы HNF-1 регулируют транскрипцию генов в тканях печени и других тканях, включая почки, тонкий кишечник, вилочковую железу. HNF-3α, HNF-3β и HNF-3γ регулируют транскрипцию многочисленных генов печени. HNF-3α и HNF-3β участвуют в гаструляции, например, при формировании осей зародыша. HNF-4α и HNF-4β важны для раннего зародышевого развития. HNF-6 связывается с промотором HNF-3β. OC-2, также называемый ONECUT-2, действует как активатор транскрипции и обладает максимальной экспрессией в клетках кожи и печени.
Белки Tal и LylTAL1, TAL2 и Lyl-11 – члены семейства белков, несущих домен спираль-петля-спираль (bHLH) вовлечены в Т-клеточный острый лейкоз. Гиперактивация TAL1 характерна в 60% острых лимфобластических лейкозов человека. TAL1 (SCL) – это сериновый фосфопротеин, молекулярной массой 60 kDa и основной фактор транскрипции, несущий домен спираль-петля-спираль, известный в качестве регулятора эмбрионального гемопоэза. Этот фактор транскрипции в качестве гетеродимера с E2A и HEB/HTF4 связывается с нуклеотидной последовательностью E-box. TAL2 – это белок, молекулярной массой 12 kDa, вовлеченный в Т-клеточный острый лейкоз через хромосомную транслокацию, включающую гены TAL2 и β-цепи рецептора Т-клеток. Lyl-1 – ядерный белок весом 28 kDa. Lyl-1 и E2a могут формировать гетеродимерные комплексы с различными ДНК-связывающими свойствами в гематолимфоидных клетках. TAL2 несет домены спираль-петля-спираль и ДНК-связывающий домен, гомологичный прото-онкогенам TAL1 и Lyl-1.
РНК-связывающие Elav-подобные белки.Elav-подобные гены кодируют семейство белков, связывающихся с РНК. Elav, белок Drosophila, и его гомологи у млекопитающих, HuC, HuD и Hel-N1, экспрессируются сразу после дифференциации нейробластов и необходимы для дифференциации и поддержания нейронов. Еще один гомолог млекопитающих, HuR или HuA, повсеместно экспрессируется и сверхэкспрессируется при различных раковых заболеваниях. Характерно, что гомологи специфически связываются с элементами, богатыми AU (ARE) в 3-нетранслируемом регионе транскриптов иРНК. Сайты элементов, богатых AU, связываются с иРНК для быстрого разрушения. Когда белки Elav ассоциируются с сайтами элементов, богатых AU, разрушение иРНК ингибируется, что приводит к стабильности описанных выше транскриптов.
Семейство GATAСемейство факторов транскрипции GATA, включая GATA-1, GATA-2, GATA-3, GATA-4, GATA-5 и GATA-6, связывает последовательности ДНК 5-WGATAR-3. Родственный фактор, OSP-1, также связывается с этой последовательностью. Члены семейства GATA несут ДНК-связывающий домен цинкового пальца, но различаются в уровнях экспрессии.
Forkhead-родственные белкиFKHR, FKRHL1, AFX1, FKHRL1P1, составляют подсемейство белков «forkhead», которые регулируют транскрипцию. FKHR и FKHRL1 являются функциональными генами, в то время как FKHRL1P1 и FKHRP1 вызывают псевдогенез. Семейство факторов транскрипции FOX, которое включает FOXA3, FOXC1, FOXC2, FOXD1, FOXD3, FOXE1, FOXE2, FOXE3, FOXF1, FOXJ1, FOXK1, FOXL1, FOXL2, FOXM1, FOXN1, FOXP1, FOXP2, FOXP3, FOXQ1 и BF-1, содержащие общий DINU-связывающий домен, называемый «сверхспиральным доменом» или доменом forkhead. Многие белки FOX необходимы для эмбрионального развития.
Семейство белков PAS: Per-Arnt-SimДомен Per-Arnt-Sim (PAS) - это мотив из 270 аминокислот, который опосредует взаимодействие различных факторов транскрипции из семейства PAS. Члены семейства PAS представлены белками Per1, Per2, Pe3, Arnt1, Arnt2, рецептор Ah, BMAL1, Clock, SIM1, SIM2, а также факторами, индуцирующими гипоксию, такими как HIF-1α, EPAS-1 и HIF-3α. Семейство PAS также содержит нейроно-специфические факторы транскрипции, известные как NPAS1, NPAS2 и NPAS3. NPAS1 регулирует экспрессию эритропоэтина в развивающемся мозге. NPAS2, также называемый PAS 4/ MOP4, ассоциируется с MOP3 для активации транскрипции, NPAS3 может быть вовлечен в патофизиологию шизофрении.
Комплекс SWI/SNF и родственные белкиКомплекс SWI/SNF регулирует экспрессию генов посредством АТФ-зависимого ремоделирования хроматина. Brm (SNF2-α), Brg-1 (SNF2-β), Ini1 (посредник интегразы 1, SNF5), BAF53, BAF57, BAF155 (SRG3) и BAF170 составляют функциональное ядро. Хеликаза-подобный фактор транскрипции (HTLF) обладает функциональной и структурной гомологией с семейством SWI/SNF, хотя и не входит в состав комплекса. hSNF2H - компонент фактора ремоделирования хроматина (RSF), посредника транскрипции генов класса II РНК полимеразой II.
Белки, связывающиеся с одноцепочечной ДНКБелки, связывающиеся с одноцепочечной ДНК (SSBs), необходимы для функционирования ДНК в прокариотических, эукариотических клетках, митохондриях, фагах и вирусах. Репликационный белок А (RPA), высоко консервативный белок эукариот, - это гетеротримерный белок, связывающийся с ДНК, состоящий из субъединицы весом 70 kDa, субъединицы весом 32 kDa, субъединицы весом 14 kDa. RPA играет важную роль в репликации, рекомбинации и репарации ДНК. Основной белок распознавания повреждений принимает участие на ранних стадиях эксцизионной репарации нуклеотидов, а также участвует в обеспечении целостности теломер. SSBP1 - это гомотетрамер, который преимущественно связывается с однонитевой ДНК. Он локализован в митохондриях и, вероятно, участвует в репликации митохондриальной ДНК. Факторы транскрипции белков теплового шокаФакторы транскрипции белков теплового шока - это факторы транскрипции эукариот, чувствительные к стрессу, структурно консервативные у многих организмов, от дрожжей до млекопитающих. Факторы транскрипции белков теплового шока локализованы в цитоплазме в процессе роста клеток и перемещаются в ядро при активации. Гомотримеры HSF1 и HSF2 специфически связываются с HSE-последовательностями для активации транскрипции. HSF4 существует в формах HSF4a и HSF4b, которые являются результатом реакции альтернативного сплайсинга. В отличие от HSF4b, HSF4a не содержит домен связывания с ДНК и подавляет HSF-опосредованную транскрипцию.
Blimp-1Развитие плазматических клеток, формирующихся на заключительных стадиях дифференцировки B-клеток, индуцируется Blimp-1 (B-lymphocyte-induced maturation protein). Экспрессия Blimp-1 определяет чек-пойнт, когда полностью активированные B-клетки переходят на стадию образования плазматических клеток, в то время как незрелые или частично активированные клетки элиминируются.
РНК-полимеразыРНК-полимеразы транскрибируют ядерные гены для рибосомной РНК и являются неотъемлимыми компонентами рибосомального биогенеза. РНК-полимераза I (Pol I) расположена в ядрышке и транскрибирует гены класса I, которые кодируют большую рибосомную РНК. РНК-полимераза II (Pol II) синтезирует иРНК. РНК-полимераза III (Pol III) транскрибирует гены класса III, кодирующие ряд малых молекул рибосомных РНК, таких как тРНК и 5S рРНК. RPA40, RPA16, RPA135 и RPA194 являются субъединицами Pol I, которые ассоциированы друг с другом на ранних стадиях сборки РНК-полимеразы I. RPA40 важна для функционирования и целостности комплекса, так же является значимой субъединицей Pol III. RPC32 и RPC39 являются субъединицами, специфичными для Pol III. RPB6 и RPB8 являются субъединицами, общими для всех трех полимераз.
Транскрипционные факторы TFIIИнициация транскрипции генов включает упорядоченную сборку мультипротеинового комплекса на проксимальных промоторах, таких как TATA бокс, расположенных выше транскрипционного старт-кодона. Вместе с РНК-полимеразами семейство факторов транскрипции класса II (TFII) необходимо для инициации транскрипции. Первым шагом в формировании комплекса инициации является прочное связывание TFIID с TATA боксом. TBP (TATA-связывающий белок) является важнейшим компонентом основного механизма транскрипции, поскольку он опосредует транскрипцию с участием РНК-полимераз I, II и III. TLF (или TRF2) - это TBP-родственный фактор, который регулирует РНК-полимераза II-опосредованную транскрипцию, и преимущественно связывается с TFIIA с формированием стабильного комплекса. Дополнительный TFII-родственный белок, BTF3, не связывается напрямую с проксимальным промотором, но иногда формирует стабильный комплекс с РНК-полимеразой II и способствует сборке РНК полимеразы III.
Теломераза TP1 и теломеразная обратная транскриптаза (TERT)Теломераза - это РНК-зависимая ДНК полимераза, которая катализирует наращивание теломерных повторяющихся участков на концах хромосом. В большинстве соматических клеток человека, активность теломеразы не обнаруживается, и теломеры укорачиваются в процессе удачных клеточных делений. Тем не менее, активность теломеразы обнаружена при 85% раковых заболеваний человека. Человеческий TP1 (белок 1, ассоциированный с теломеразой), также обозначенный TLP1 у крыс (теломеразный белковый компонент 1), и TERT человека (теломеразная обратная транскрпитаза), также называемая TRT и EST2. Экспрессия TRT иРНК коррелирует с активностью теломеразы в различных клеточных линиях.
Гистоновые метилтрансферазыРазличные модификации гистоновых «хвостов», таких как ацетилирование, фосфорилирование и метилирование регулируют ядерные процессы, такие как контроль транскрипции и митотическую конденсацию хромосом. Гистоновые метилтрансферазы известны как катализаторы ковалентных модификаций. G9a (BAT8 или NG36) и SUV39H1 избирательно переносят метильные группы на остатки лизина 9 и гистон H3. G9a также добавляет метильные группы к лизину 27. Set7/9 и SMYD3 метилирует Lys4, специфический конец гистона H3 для эпигенетической активации транскрипции. Ферменты репарации ДНККомпоненты эксцизионной репарации нуклеотидов включают CSA, CSB, FEN-1, POL H, DDB1, DDB2, ERCC1 и семейство генов Xeroderma Pigmentosum (XP). Мутации, затрагивающие гены XP, часто приводят к аутосомному рецессивному заболеванию, для которого характерна генетическая предрасположенность к катализируемому солнечным светом раку кожи, который возникает как следствие дефицита ферментов репарации ДНК. Урацил-ДНК-гликозидаза (UDG) и SMUG1 удаляют урацил как из однонитевой, так и из двунитевой ДНК. Полинуклеотид киназа (PNK) является ключевым компонентом путей репарации ДНК BER (эксцизионная репарация удалением поврежденных оснований) и NHEJ (соединение негомологичных концов). NEIL1 и NEIL2 - это ядерные белки, участвующие в репарации ДНК, поврежденной в результате окислительного стресса. Они действуют в качестве ДНК-гликозилаз, которые могут распознавать и удалять поврежденные основания, оставляя AP-сайт. NEIL3, однако, не несет пролинового остатка на N-конце, который действует как активный сайт в NEIL1 и NEIL2. Eme1 - эндонуклеаза, взаимодействующая с Mus81. Апратаксин участвует в ответе клеток на повреждения ДНК.
Факторы базальной транскрипции TAF IITFIID - основной фактор транскрипции, который способствует сборке преинициаторного комплекса путем прямого взаимодействия с промоторными элементами TATA. Это комплекс из множества субъединиц, состоящий из маленьких TATA-связанных полипептидов и других TBP-ассоциированных факторов (TAF), по размеру варьирующих от 20 до 250 kDa. Семейство членов TAF II включает p18, p28, p32, p100, p130, p170 и p250, которая является самой большой субъединицей TFIID. Специфические взаимодействия белков TAF в комплексе TFIID играют различные роли в модуляции клеточного цикла и регуляции генов.
РНК процессинг и факторы сплайсинга пре-иРНКСплайсинг пре-иРНК является важнейшим шагом в пост-транскрипционной регуляции экспрессии генов. Некоторые белковые комплексы принимают участие в сплайсинге и транспорте иРНК. Малые рибонуклеопротеиновые частицы (snRNP) взаимодействуют со сплайсинговым комплексом SRm160/300 для формирования больших сплайсом РНК. Гетерогенный ядерный рибонуклеопротеин (hnRNP) участвует в процессинге и транспорте иРНК внутрь сплайсомы. EJC (комплекс связывания экзонов), который включает Y14, Aly/REF и Magoh, опосредует экспорт, локализацию в цитоплазме иРНК и разрушение ошибочных иРНК. Ядерный комплекс CBC участвует в сплайсинге пре-иРНК. CBC состоит из двух белков, связывающих метилированный кэп, CBP20 и CBP80, которые обеспечивают стимулирующую функцию кэпа в сплайсинге иРНК, формирование 3-конца и экспорт U snRNA. Сплайсинговый фактор 1 - это ядерный белок, который связывается с последовательностью branch point пре-иРНК на первом шаге сборки сплайсом. Snp55 иSRp75 необходимы для выбора альтернативных сплайсинговых сайтов при конститутивном сплайсинге и NDH II формирует вторичные структуры, взаимодействующие с РНК-связывающими белками. MDA5 - это АТФ-зависимая РНК-хеликаза, ассоциированная с ростом, дифференциацией и смертью клеток меланом человека. Псевдоуридиновая синтаза 1 формирует комплекс с RARG и SPA1 RNA в ядре, и в ряде субстратов для тРНК, который конвертирует уридин в PSI. RIG-I - член семейства DEAD бокс. Эти белки действуют как РНК-хеликазы, участвующие в различных клеточных процессах, включая связывание РНК и перестройку вторичной структуры РНК. RIG-1 играет роль в распознавании вирусной dsRNA и регуляции иммунного ответа. PRIP, также известный как коактиватор ядерного рецептора 6, действует как коактиватор ядерного рецептора путем связывания непосредственно с ядерными рецепторами, стимулируя транскрипционную активность гормонально-зависимым путем. Это повсеместно экспрессируемый белок с высокой экспрессией в яичниках, мозге, семенниках и предстательной железе. Белки Muscleblind, MBNL1, MBNL2 и MBNL3, обеспечивают включение и выделение специфических экзонов в различных пре-иРНК путем антагонизма активности CUG-BP и ETR-3-подобных факторов, связанных с различными интронными сайтами.
MTA1 и родственные белкиБелки, ассоциированные с метастазом MTA1, MTA2 (MTA1-пободный белок 1) и MTA3 - это ядерные белки, которые специфически подавляют транскрипцию и несут активность, ассоциированную с гистоновой деацетилазой. Белки MTA являются компонентами комплекса NuRD (ремоделирование нуклеосом и деацетилирование гистонов), который ассоциирован с АТФ-зависимым ремоделированием хроматина. Хотя белки MTA1 и MTA2 являются гомологами, они существуют в двух биохимически различных белковых комплексах. MTA3 является компонентом эстроген-зависимого пути роста и дифференциации. ГистоныУ эукариот ДНК окружены октамерами гистонов, необходимых для сборки и упаковки нитей ДНК в хромосомы. Ассоциация ДНК с гистонами приводит к прочной упаковке хроматина, которая предотвращает связывание белков, участвующих в транскрипции генов, с ДНК. Гистон H1 необходим для конденсации нуклеосомных цепей в структуры более высокого порядка. Существуют доказательства в пользу того, что гистон H1 является частью основного репрессорного механизма для стабильной репрессии транскрипции. Октамер, состоящий из гистонов H2A, H2B, H3 и H4 ассоциируется с примерно 200 парами оснований ДНК для формирования нуклеосом.
Гистоновая деацетилазаАцетилирование гистонов обеспечивает доступность факторов транскрипции для ДНК, деацетилирование гистонов ведет к транскрипционному сайленсингу. Ядерные гистонные деацетилазы у млекопитающих включают HDAC1 (HD1), HDAC2 (RPD3), HDAC3, HDAC4, HDAC5, HDAC6, HDAC7, HDAC8 и HDAC9. HDRP -это белок, родственный HDAC, который несет последовательность, сходную с N-концевым не каталитическим доменом HDAC4 и HDAC5. HDRP не обладает собственной HDAC активностью, но образует комплексы с HDAC1 и HDAC3. У людей комплекс гистоновой деацетилазы содержит mSin3, HDAC1, HDAC2, ретинобластому и гистон-связывающие белки RbAp46 и RbAp48, аутоантигены Mi2-α и Mi2-β и белки, ассоциированные с mSin3, SAP 30 и SAP 80.
C23, B23 и NPM3C23, или нуклеолин, - это нуклеолярный белок, который участвует в биогенезе рибосом. Он содержит 4 РНК-связывающих домена, которые взаимодействуют с пре-РНК в процессе синтеза. С23 влияет на процессинг пре-РНК, регуляцию транскрипции рибосомальных генов и прикрепление рибосомальных компонентов к ядрышку. Фосфорилирование Cdc2 и казеин киназы II регулирует перемещение С23 из ядрышка в цитоплазму. B23, также называемый нуклеофосмин, это ядрышковый фосфопротеин с высоким сродством к белкам, содержащим сигналы ядерной локализации. B23 участвует в сборке рибосом. NPM3 - ядерный белок, родственный ядерным фосфопротеинам-шаперонам, нуклеоплазмину и нуклеофосмину. NPM3 сильно экспрессируется в поджелудочной железе и семенниках.
РибонуклеазыРибонуклеаза Р и рибонуклеаза MRP - это мелкие ядерные рибонуклеопротеины (snRNP), которые действуют на субстраты РНК in vitro. Рибонуклеаза Р состоит из POP1 (процессинг предшественника 1), POP5 (процессинг предшественника 5) и, по меньшей мере, семи Rpps (включая Rpp14, Rpp29, Rpp30 и Rpp38). Он удаляет 5-лидерную последовательность у молекул предшественника тРНК. Рибонуклеаза L (2-5A-зависимая РНКаза, рибонуклеаза 4) регулирует проилферацию клеток и апоптоз через интерферон-регулируемый 2-5A путь. Рибонуклеаза H1 - это эндонуклеаза, которая специфически отделяет РНК от гибридов РНК-ДНК. Рибонуклеаза III Drosha - это нуклеаза, которая осуществляет начальный шаг процессинга микроРНК в ядре.
ДНК-топоизомеразыДНК-топоизомеразы - это ядерные ферменты, которые регулируют топологическую структуру ДНК в клетках эукариот путем случайных разрывов и воссоединения нитей ДНК. Эукариотические топоизомеразы I и II способны ослаблять как позитивные, так и негативные суперспирали, в то время как ДНК топоизомераза III ослабляет только негативные суперспирали. ДНК топоизомераза I (повсеместно распространенный, растворимый фермент) и ДНК топоизомераза II образуют случайные разрывы двунитевой ДНК. ДНК-топоизомеразы играют роль в репликации, рекомбинации и транскрипции ДНК и являются мишенями многочисленных антираковых препаратов.
Белки группы PolycombГены группы Polycomb участвуют в обеспечении идентичности клеток, регуляции клеточного цикла и онкогенезе. Белки млекопитающих PcG являются регуляторными белками, важными для экспрессии гена Hox, развития осевого скелета и контроля пролиферации и выживания гематопоэтических клеток. Путем стимулирования изменений в структуре хроматина, белки PcG являются частью системы клеточной памяти, ответственной за активность генов, наследуемую клетками-потомками. Белки PcG останавливают экспрессию генов путем формирования мультимерных белковых комплексов различного состава. Изменение уровня экспрессии различных белков PcG в клетках млекопитающих приводит к трансформации клеток, которая может означать связь между белками PcG, ассоциированными с хроматином, и раковыми заболеваниями. Члены семейства включают Mel-18, Bmi-1, RING1, ENX-1, ENX-2, EED, YY1, YY2, M33, MPc2, MPc3, EPC1, RYBP, L3MBTL и SUZ12. Факторы, ассоциированные с хроматиномФактор сборки хроматина-1 (CAF-1) содержит три белковые субъединицы, называемые p150, p60 и p48. CAF-1 функционирует как фактор сборки хромосом, который собирает синтезируемые и ацетилированные гистоны H3/H4 в формирующийся в процессе репликации ДНК хроматин, и поддерживает целостность гетерохроматина. Гетерохроматин характеризуется как сильно конденсированный (компактный) хроматин, для которого характерна очень низкая транскрибируемость и слабая восприимчивость к ДНК-модифицирующим реагентам. Белки 1, ассоциированные с гетерохроматином млекопитающих (HP1α, HP1β и HP1γ), являются не гистонными белками, которые взаимодействуют с субъединицей p150 CAF-1 для регуляции гетерохроматина и участвуют в сайленсинге хроматина, транскрипции и ремоделировании хроматина.
ScribbleУ Drosophila мутации в генах, кодирующих multi-PDZ (PSD-95, Discs-large и ZO-1) и белок Scribble, богатый лейциновыми повторами, вызывает формирование аберрантных клеточных форм и потерю монослойной организации эмбрионного эпителия. Гомолог человека, Scrib, внутриклеточно локализован в плотном соединении позвоночных и необходим для локализации некоторых эпителиальных детерминант.
Транскрипционный медиаторный белокТранскрипция частично регулируется и высоко молекулярными коактивационными комплексами, которые опосредуют сигналы между активаторами транскрипции и РНК полимеразами. Эти комплексы-посредники состоят из большого количества белков или субъединиц. Множество белков включены в комплексы-посредники являются гомологами дрожжевых белков Srb/Mediator и могут функционировать как обычные субъединицы множественных комплексов. Комплекс SCMM (белки-кофакторы SRB и MED) состоит из различных субъединиц, имеющих определенную гомологию с некоторыми компонентами дрожжевого транскрипционного комплекса-посредника, и белков человека Srb7, Med6 (DRIP33) и Med7 (DRIP34). Med6 и Med7, также, как и другие компоненты SMCC, ассоциированы с белками-коактиваторами комплексов TRAP (белки, активирующие рецептор тиреоидного гормона) и DRIP (белки, взаимодействующие с рецептором витамина D) для обеспечения зависимой от стероидного рецептора активации транскрипции. Комплекс CRSP (кофактор, необходимый для активации Sp1) повсеместно экспрессируется в различных тканях и функционирует как мультимерный комплекс, который состоит из 9 различных субъединиц. Субъединицы CRSP также ассоциированы с большими мультимерными коактиваторными комплексами, включая ARC/DRI, который связывается непосредственно с SREBP и рецепторами ядерных гормонов для облегчения транскрипции, и с комплексом NAT, взаимодействующим с полимеразой II, который подавляет активированную транскрипцию. Белки, связанные с рецептором тироидного гормона, TRAP150 и TRAP100 - это субъединицы весом 150 и 100 kDa большого мультибелкового комплекса ARC/DRIP и TRAP. Они играют важную роль в коактивации транскрипции и TRAP100 также важен для транскрипции, зависимой от рецептора ядерного гормона.
Белки T-BoxГены T-Box кодируют семейство регуляторов транскрипции, которые содержат высоко консервативный ДНК-связывающий домен, Т-бокс, и принимают участие в различных процессах развития. Гены T-box, которые кодируют белки TBX 1-22, экспрессируются в процессе эмбриогенеза и/или в ряде тканей во взрослом состоянии. Брахиурия (Т-белок) - это белок Т-бокс жизненно важный для дифференциации мезодермы и для осевого развития всех позвоночных животных. T-bet (белки T-box, экспрессируемые в Т-клетках) - это белки, специфичные для клеток Т-хэлперов, которые контролируют экспрессию INF-γ.
Белки комплекса, распознающего область начала репликации (ORC)Инициация репликации ДНК зависит от формирования пре-репликативных комплексов из белков, таких как белки комплекса, распознающего область начала репликации (ORC), которые запускают инициацию. Субъединицы ORC человека, ORC1-6, экспрессируются в ядрах пролиферирующих клеток и тканях семенников. ORC2 и ORC3 также экспрессируются в непролиферирующих клетках, таких как кардиомиоциты, клетках коры надпочечников и нейронах. В процессе митоза, ORC1 комплектуется в неактивную форму хроматина, в то время как ORC2 остается стабильно связанным с хроматином в процессе всего клеточного цикла. Изменения в стабильности ORC предполагают наличие механизма задержки сборки пре-репликативного комплекса до окончания митоза и формирования структуры ядра.
FBPАктивация FUSE (the far-upstream element), необходим для корректной экспрессии гена c-Myc у млекопитающих в недифференцированных клетках. Связывание белков, связывающих FUSE, FBP1 и FBP2 с FUSE необходимое для экспрессии c-Myc, указывает на то, что белки FBP являются регуляторами экспрессии c-Myc, зависимыми от роста. Экспрессия белков FBP выявлена в недифференцированных клетках и постоянно снижается в процессе клеточной дифференциации.
Белки, связывающие CpGМетилирование ДНК вносит вклад в регуляцию транскрипции генов в системах эукариот. Метилирование ДНК преимущественно происходит по остаткам цитозина в динуклеотидных мотивах, состоящих из 5-цитозина, следующим за гуанозином (CpG). Метилирование необходимо для ферментной активности ДНК-метилтрансфераз (Dnmt), включая Dnmt 1, 2, 3a, 3b и 3c. Метил-CpG-связывающие белки (MBD), такие как MBD1, MBD2, MBD3, MBD4, Dmap1 и MeCP2, которые преимущественно экспрессируются в соматических тканях, связываются с доменами, богатыми метил-CpG, и обеспечивают ингибирование транскрипции, ассоциированной с метилированием ДНК. MIZF (HiNF-P) взаимодействует с комплексом MBD2 и участвует в процессах репрессии и метилирования ДНК. Кластеры неметилированных CpG динуклеотидов также участвуют в модуляции экспрессии генов путем связывания факторов транскрипции. Белок, связывающий CpG человека (CGBP), - обильно экспрессируемый член семейства CpG-связывающих белков весом 88 kDa, связывается с динуклеотидами CpG неметилированной ДНК, таким образом, функционируя в качестве активатора транскрипции.
Активатор РНК стероидного рецептораАктиватор РНК стероидного рецептора (SRA) избирательно опосредует трансактивацию рецепторов стероидного гормона. SRA существуют как транскрипты РНК, которые формируют комплексы со коактиватором стероидного рецептора 1, так и как стабильно экспрессируемые белки. SRA повсеместно экспрессируется в нормальных тканях с высоким уровнем экспрессии в печени и скелетных мышцах.
CtBP1, CtBP2 и CtIPCtBP1 - это клеточный фосфопротеин весом 48 kDa, который связывается с различными белками и функционирует как корепрессор транскрипции. CtBP1 и родственный белок CtBP2 являются С-концевыми белкми, связывающиеся с аденовирусом E1A преимущественно через мотив из 5 аминокислот PLDLS для подавления E1A-индуцируемого онкогенеза и клеточной трансформации. Кроме того, CtBP образует комплекс с белком CtIP, весом 125 kDa, который распознает белковые мотивы, отличные от мотивов, распознаваемых CtBP. CtIP связывается с повторностями BRCT гена BRCA1, вызывающего рак молочной железы, и, таким образом, влияет на активность BRCA1.
Ref-1Роль факторов транскрипции в регуляции экспрессии генов хорошо изучена. Хотя активность этих факторов может регулироваться фосфорилированием, изменения в redox-статусе также могут регулировать ДНК-связывающую активность различных факторов транскрипции. Мутационный анализ позволил идентифицировать единственный консервативный цистеиновый остаток, связанный с ДНК-связывающей активностью Fos и Jun. Окисление может быть обратимо с помощью клеточного репарационного redox/DNA белка, известного как Ref-1 (redox factor-1).
SoxГены Sox родственны гену SRY, определяющему пол у млекопитающих. Эти гены содержат последовательности, которые кодируют домен HMG-box, ответственный за специфичную ДНК-связывающую активность. Гены Sox кодируют мнимые регуляторы транскрипции, участвующие в определение судьбы клеток в процессе развития. Гены Sox кластеризуются примерно в 40 различных локусах.
Белки, содержащие BTB/POZСемейство факторов транскрипции, содержащих домен цинкового пальца, BTB/POZ включает Bcl-6, PLZF, Kaiso, HIC-1 и LRF. Представители семейства содержат домен POZ или BTB, который обеспечивает гомодимерные или гетеродимерные взаимодействия POZ-POZ. У белка Bсl-6 и онкопротеина промиелоцитарного лейкоза (PLZF), домен цинкового пальца взаимодействует с комплексом SMRT/N-CoR-mSin3A-HDAC, который непосредственно участвует в транскрипционном генном сайленсинге. Kaiso - это репрессор транскрипции, который специфически распознает симметрично метилированные последовательности ДНК. HIC-1 (hypermethylated in cancer) также действует как репрессор транскрипции. LRF (leukemia/lymphoma related factor) - сильно экспрессируемый ядерный белок, который может участвовать в регуляции транскрипции.
ДНК-полимеразыДНК-полимеразы катализируют полимеризацию деоксирибонуклеотидов с матричной нитью ДНК для создания комплементарной нити ДНК. Репликация, рекомбинация и репарация ДНК необходимы для точной дупликации генетического материала. ДНК-полимеразы α, δ и ε наиболее активны в делящихся клетках, а также, возможно, при репликации. ДНК-полимераза α ответственна за синтез отстающей цепи ДНК и обладает праймазной активностью. ДНК-полимераза β обеспечивает эксцизионную репарацию оснований, необходимую для поддержания целостности ДНК, репликации, рекомбинации и устойчивости к препаратам. ДНК-полимераза γ действует как обратная транскриптаза и участвует в репликации митохондриальной ДНК. ДНК-полимераза δ связывается с 3-концом частично раскрученной ДНК и собирает лидирующую нить нуклеотидов. ДНК-полимераза ε участвует в репликации, рекомбинации и репарации ДНК. ДНК-полимераза η осуществляет синтез на поврежденной матрице ДНК. ДНК-полимераза ι выстраивает деоксинуклеотиды напротив поврежденных оснований ДНК, и ДНК-полимераза ζ восстанавливает поврежденную последовательность. ДНК-полимераза θ функционирует в лимфоцитах, сверхэкспрессия ДНК-полимеразы θ может способствовать развитию рака. ДНК-полимераза κ также участвует в синтезе поврежденных оснований ДНК и влияет на когезию сестринских хроматид. ДНК-полимераза λ участвует в репарации поврежденных участков двунитевой ДНК путем соединения негомологичных концов. ДНК-полимераза μ - это нуклеотидилтрансфераза, которая действует в ответ на определенные типы повреждений ДНК путем пропуска поврежденных участков ДНК. ДНК-полимераза ν сильно экспрессируется в семенниках. ДНК-полимераза σ участвует в репарации ДНК и адгезии сестринских хроматид.
Информация для заказаСтраницы: 1 / 2 / 3 / 4 / 5 / 6 / 7 / 8 / 9 / 10 / 11 / 12 / 13 / 14 / 15 / 16 / 17 / 18 / 19 / 20 / 21
|
|
|
© ООО «Лабораторная Диагностика» info@LD.ru тел.: +7 495 369-20-43 |