абор реагентов «ПЦР-РВ-2019-nCov» предназначен для качественного определения (скрининг, мониторинг) РНК коронавируса SARS-CoV-2 в препаратах нуклеиновых кислот, выделенных из проб, полученных при взятии мазка из носа, носоглотки и/или ротоглотки, промывных вод бронхов, полученных при фибробронхоскопии (бронхоальвеолярныий лаваж), а также из (эндо)трахеального, назофарингеального аспирата, мокроты, биопсийного или аутопсийного материала легких, цельной крови, сыворотки, мочи.
Для выделения РНК рекомендуется использовать набор реагентов с известными характеристиками в отношении интерферентов, зарегистрированный в установленном порядке («РИБО-преп», ФСР 2008/03147), а также, в случае, если требования наличия регистрационного удостоверения не предъявляются, рекомендуется использовать набор «М-сорб-ООМ» (кат. № ООМ-502).
Преимущества набора реагентов «ПЦР-РВ-2019-nCov»
Набор реагентов использует преимущества мультиплексной ОТ-ПЦР-РВ, а именно: одновременное выявление в одной пробе РНК коронавируса SARS-CoV-2 (канал детекции R6G) и постановка двух контрольных реакций, исключающих ложноотрицательные результаты анализа: - реакции, позволяющей оценить эффективность выделения нуклеиновых кислот – ВПК-В-РНК (канал детекции FAM); - реакции, позволяющей оценить степень ингибирования реакции обратной транскрипции и амплификации – ВПК ОТ-ПЦР-РВ (канал детекции Cy5).
Готовая к использованию реакционная смесь, РС-nCoV, расфасована в стрипованные ПЦР-пробирки объемом 0,2 мл и лиофилизована. Данный формат позволяет транспортировать наборы реагентов при комнатной температуре и хранить их при температуре от плюс 2oС до плюс 8oС.
Обнаружение фрагментов нуклеиновых кислот коронавируса SARS-CoV-2 реализовано методом обратной транскрипции, совмещенной с полимеразной цепной реакцией в реальном времени (ОТ-ПЦР-РВ) в одной микропробирке, что позволяет уменьшить количество манипуляций с реакционной смесью и тем самым максимально снизить количество ошибок и возможность контаминации при постановке ОТ-ПЦР-РВ.
Аналитические характеристики «ПЦР-РВ-2019-nCov»
Чувствительность
Не более 1,0х103 копий РНК в миллилитре пробы (копий·мл-1). Для достижения данного показателя рекомендуется использование наборов реагентов для выделения нуклеиновых кислот (НК), допускающих отбор аликвот исходного материала (проб) объемом не менее 100 мкл.
Специфичность
Ложноположительные и ложноотрицательные результаты при анализе образцов НК респираторных инфекций: тяжелого острого респираторного синдрома (SARS-CoV), ближневосточного респираторного синдрома (MERS-Cov), гриппа типа А H1N1, H5N1 и В, респираторно-синцитиального вируса (РСВ), аденовирусов, Coxiella burnetii, Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenzae type B, Legionella pneumophila, Metapneumovirus, Human respirovirus 1, Rhinovirus (14 заведомо отрицательных образцов) отсутствовали.
При проведении исследований наблюдалась 100% внутрипостановочная, межпостановочная и межсерийная воспроизводимость для всех положительных образцов.
Диагностические характеристики «ПЦР-РВ-2019-nCov»
Клинические исследования набора проведены на базе ФБУН ГНЦ ВБ Вектор (р.п. Кольцово, Новосибирской области). Диагностические чувствительность и специфичность оценивались при анализе 160 проб образцов клинического материала, контаминированных штаммом вируса 2019-nCoV (SARS-CoV-2) в количестве 0,1 lg TCID50/мл (1*103 ГЭ/мл), а также 100 образцов клинического материала от пациентов с иной этиологией респираторного заболевания (грипп А и В, парагрипп, аденовирусная инфекция, респираторно-синцитиальная инфекция, метапневмовирусная инфекция, риновирусная инфекция и коронавирусная инфекция человека, вызванная hCov NL63, hCov OC43, hCov 229E, hCov HKUI), с использованием разных серий испытуемого набора на четырех разных амплификаторах.
Вид исследуемого материала
Диагностическая чувствительность (с доверительной вероятностью 95%)
Диагностическая специфичность (с доверительной вероятностью 95%)
Мазки со слизистой носа, носоглотки и ротоглотки, бронхоальвеолярный лаважа/промывных вод бронхов, аспират эндотрахеальный и назофарингиальный, мокрота, аутопсийные образцы цельная кровь, сыворотка крови, моча
100% (97.7% -100.00%)
100% (96.5% -100.00%)
Результаты анализа 160 образцов клинического материала, контаминированных штаммом вируса 2019-nCoV (SARS-CoV-2) в количестве 0,1 lg TCID50/мл (1*103 ГЭ/мл), проанализированных при различных контролируемых переменных: на разных базах (лабораториях), двумя разными операторами, с использованием разных серий испытуемого набора, на четырех разных амплификаторах, полностью совпали. Воспроизводимость и повторяемость медицинского изделия составили 100%.
Постановка ОТ-ПЦР-РВ осуществляется на приборах для ПЦР в реальном времени, имеющих каналы детекции FAM, R6G (HEX, JOE), Cy5, например, «АНК-32», «АНК-М», «DTprime/DTlite», «CFX96», «Rotor-Gene Q/6000» и других, эквивалентных по характеристикам.
Интерпретация результатов анализа на выявление РНК SARS-CoV-2 с использованием набора реагентов «ПЦР-РВ-2019-nCov» на приборе «CFX96» (Bio-Rad, США)