Аллель-специфическая ПЦР (ASPE)

Аллель-специфическая ПЦР – это эффективный метод выявления мутаций в геномной ДНК, широко используемый для анализа однонуклеотидных полиморфизмов (SNPs). Так как этот метод позволяет найти небольшое количество мутантных ДНК среди большого количества ДНК дикого типа, он также применяется для анализа соматических мутаций при онкологических заболеваниях.

В основе метода лежит элонгация аллель-специфических праймеров (allele specific primer extension), строго комплементарных нуклеотидной последовательности матричной ДНК, расположенной на 3'-конце. При неполной комплементарности эффективность удлинения праймера во время ПЦР резко снижается либо отсутствует.

Если аллель-специфическая ПЦР является первым этапом мультиплексного анализа, аллель-специфические праймеры должны содержать еще и последовательности, комплементарные типирующим последовательностям на микросферах, а продукты ПЦР должны быть мечены биотином. Это позволит установить наличие искомой аллели в образце в процессе считывания микросфер в мультиплексном анализаторе.