Набор AmoyDx HANDLE Classic NGS Panel

Поддерживаемые платформы: Illumina NextSeq 500, MiSeq, MiniSeq

Определяемые гены  AKT1, ALK, BRAF, CTNNB1, DDR2, EGFR, ERBB2, FGFR1, FGFR2, FGFR3, FGFR4, HRAS, KEAP1, IDH1, IDH2, KIT, KRAS, MAP2K1, MET, MSH6, NRAS, NRG1, NTRK1, NTRK2, NTRK3, PDGFRA, PIK3CA, POLE, PTEN, RB1, RET, RICTOR, ROS1, SMAD4, TP53 (36 генов).

Особенности набора

• Большие возможности – определяет мутации  SNV/InDel/ Fusion/CNV
• Высокая чувствительность - 2% при использовании системы коррекции UID (unique ID).
• Высокая эффективность -  определяет больше  мутаций при меньшем количестве генерируемых данных
• Высокая производительность - длительность цикла 5 часов и 1 час ручных манипуляций

Описание HANDLE Classic NGS Panel

Набор  HANDLE Classic NGS Panel от компании Amoy Dx, использующий технологию HANDLE, предназначен для качественного определения единичных нуклеотидных замен (SNV), инсерций и делеций (InDel), фьюжен-генов и  вариантов количества (CNV) в образцах ДНК и РНК, выделенных их парафиновых  блоков тканей (FFPE) путем перевода нуклеиновых кислот образца в библиотеки, пригодные для секвенирования. Набор позволяет определить статус мутаций в 36 генах у онкологических пациентов, включая некоторые новые биомаркеры  (гены NTRK1~3, FGFR1~3 ). 

Принцип метода

Набор использует технологию Halo-shape ANnealing and Defer-Ligation Enrichment system (HANDLE system), которая является улучшенной версией технологии захвата участка таргетного гена Molecular Inversion Probe (MIP). Уникальный молекулярный идентификатор (UID) встроен с обоих сторон фрагмента ДНК, и позволяет отслеживать исходную матрицу для коррекции ошибок. Время создания библиотеки на базе системы  HANDLE составляет 5 часов и еще 1 час на ручные манипуляции. При использовании образцов РНК, этап обратной транскрипции необходимо выполнить до того, как будет выполнять гибридизация с зондами. Зонды содержат последовательности для удлинения ДНК (extension arm) и последующего лигирования  цепи (ligation arm), которые комлементарны таргетному участку гена. Сначала последовательности для удлинения ДНК и для лигирования прикрепляются к области гена-мишени, и участок ДНК достраивается ДНК-полимеразой от участка extension arm до ligation arm. Затем выступающие концы соединяются лигазой для образования круговых продуктов. Оставшиеся линейные зонды, одноцепочечные и двухцепочечные нуклеиновые кислоты расщепляются экзонуклеазой. После чего проводится амплификация ПЦР для обогащения целевых библиотек.

Информация для заказа

Область использования: Наборы для определения мутаций онкогенов методом NGS	Производство:	AmoyDx
	Метод:	NGS
	Объем:	24
	Кат. номер:	8.0680601X024I
Цена (с НДС 20%):	по запросу	В корзину
Наименование: Набор AmoyDx HANDLE Classic NGS Panel. Примечание: Поддерживаемые платформы: Illumina NextSeq 500, MiSeq, MiniSeq