Набор для исследования генов восстановления гомологичной рекомбинации AmoyDx HANDLE HRR NGS Panel

AmoyDx® HANDLE HRR NGS Panel

Процесс репарации ДНК путем гомологичной рекомбинации (ГР) (англ. homologous recombination repair, HRR) играет важную роль при разрыве двойной цепи ДНК, которая является основной причиной развития рака. Показано, что потеря функции генов HRR (например, BRCA1, BRCA2, PALB2) и нарушение гомологичной рекомбинации (англ. Homologous Recombination Deficiency, HRD) повышает риск развития раковых заболеваний, а пациенты с мутациями генов HRR лучше реагируют на ингибиторы поли (АДФ-рибоза)-полимеразы (PARP-ингибиторы или просто PARPi) и терапию на основе препаратов платины.

Рис.1. Пути восстановления ДНК

Назначение набора

 

Набор AmoyDx® HANDLE HRR NGS (Reversible Terminator Sequencing), предназначен для качественного обнаружения вариантов генов AR, ATM, ATR, BARD1, BRCA1, BRCA2, BRIP1, CDH1, CDK12, CHEK1, CHEK2, ESR1, FANCA, FANCL, HDAC2, HOXB13 , MRE11A, NBN, PALB2, PPP2R2A, PTEN, RAD51B, RAD51C, RAD51D, RAD54L, STK11 и TP53 (в кодирующих экзонах и границах экзон-интрон), а также «горячих точек»* генов BRAF, ERBB2, KRAS, NRAS и PIK3CA в ДНК, выделенной из образцов крови человека, свежей ткани или параффиновых образцов (FFPE). Обнаруженные варианты включают точечные мутации, небольшие вставки и делеции в генах HRR.

Набор должен использоваться только подготовленным персоналом в лабораторных условиях.

Принцип метода

Набор основан на технологии Halo-shape ANnealing and Defer-Ligation Enrichment (HANDLE), которая является улучшенной версией технологии захвата участка целевого гена (Инвентированный молекулярный зонд, англ. Molecular Inversion Probe (MIP)). Уникальный молекулярный идентификатор (UID) встроен с обоих сторон фрагмента ДНК. Он позволяет отслеживать исходную матрицу для коррекции ошибок. Время создания библиотеки на базе системы HANDLE составляет 5 часов и еще 1 час на лабораторную работу. После контроля качества, полученные библиотеки ДНК секвенируют на платформе Illumina для выявления мутаций вышеупомянутых 32 HRR-генов.

Рис.2. Припцип конструирования библиотеки (система HANDLE)

Зонды MIP содержат последовательности для удлинения ДНК (extension arm) и последующего лигирования цепи (ligation arm), комлементарные целевому участку гена. Сначала последовательности для удлинения и лигирования ДНК прикрепляются к области гена-мишени, и участок ДНК достраивается ДНК-полимеразой от участка extension arm до ligation arm. Затем выступающие концы соединяются лигазой для образования циклической структуры. Оставшиеся линейные зонды, одноцепочечные и двухцепочечные нуклеиновые кислоты расщепляются экзонуклеазой. После чего проводится амплификация ПЦР для обогащения целевых библиотек.

Последовательность и длительность этапов 

 

 

 

Совместимость с секвенаторами

Информация для заказа

Область использования: Наборы для определения мутаций онкогенов методом NGS	Производство:	AmoyDx
	Метод:	NGS
	Объем:	24
	Кат. номер:	8.0680701X024I
Цена (с НДС 20%):	по запросу	В корзину
Наименование: Набор для исследования генов восстановления гомологичной рекомбинации AmoyDx HANDLE HRR NGS Panel / AmoyDx® HANDLE HRR NGS Panel. Примечание: Illumina NovaSeq 6000, NextSeq 500, MiSeq, MiSeqDx, MiniSeq, iSeq 100