Набор AmoyDx® HRD Focus Panel

AmoyDx® HRD Focus Panel (Reversible Terminator Sequencing)

Процесс репарации ДНК путем гомологичной рекомбинации (ГР) (англ. homologous recombination repair, HRR) играет важную роль при разрыве двойной цепи ДНК, которая является основной причиной развития рака (1-5). Показано, что потеря функции генов HRR (например, BRCA1, BRCA2, PALB2) и нарушение гомологичной рекомбинации (англ. Homologous Recombination Deficiency, HRD) повышает риск развития раковых заболеваний, а пациенты с мутациями генов HRR лучше реагируют на ингибиторы поли (АДФ-рибоза)-полимеразы (PARP-ингибиторы или просто PARPi) и терапию на основе препаратов платины (6-7). Тестирование на наличие HRD и мутаций BRCA1/2 было одобрено для отбора пациентов для терапии PARPi.

Назначение набора

Набор AmoyDx® HDR Focus (Reversible Terminator Sequencing) – это диагностический тест in vitro на основе секвенирования нового поколения, который определяет статус HRD пациента путем обнаружения SNV и InDels в целых кодирующих областях и границ интрон/экзон генов BRCA1 и BRCA2, а также определение шкалы геномных рубцов (GSS) с использованием ДНК, выделенной из образцов ткани, фиксированных нейтральным формалином и залитых парафином (FFPE).

Набор должен использоваться только подготовленным персоналом в лабораторных условиях.

Принцип метода

Набор основан на технологии Halo-shape ANnealing and Defer-Ligation Enrichment (HANDLE), которая является улучшенной версией технологии захвата участка целевого гена (Инвентированный молекулярный зонд, англ. Molecular Inversion Probe (MIP)) (Рис. 1). Уникальный молекулярный идентификатор (UID) встроен с обоих сторон фрагмента ДНК. Он позволяет отслеживать исходную матрицу для коррекции ошибок. Время создания библиотеки на базе системы HANDLE составляет 5 часов и еще 1 час на лабораторную работу. После контроля качества, полученные библиотеки ДНК секвенируют на платформе Illumina для выявления мутаций генов BRCA1 и BRCA2, а также статус HRD.

Рисунок 1. Принцип создания библиотеки с помощью технологии HANDLE

 Зонды MIP содержат последовательности для удлинения ДНК (extension arm) и последующего лигирования цепи (ligation arm), комлементарные целевому участку гена. Сначала последовательности для удлинения и лигирования ДНК прикрепляются к области гена-мишени, и участок ДНК достраивается ДНК-полимеразой от участка extension arm до ligation arm. Затем выступающие концы соединяются лигазой для образования циклической структуры. Оставшиеся линейные зонды, одноцепочечные и двухцепочечные нуклеиновые кислоты расщепляются экзонуклеазой. После чего проводится амплификация ПЦР для обогащения целевых библиотек.

Информация для заказа

Область использования: Наборы для определения мутаций онкогенов методом NGS	Производство:	AmoyDx
	Метод:	NGS
	Объем:	20
	Кат. номер:	8.0683101X024I
Цена (с НДС 20%):	по запросу	В корзину
Наименование: Набор AmoyDx® HRD Focus Panel / AmoyDx® HRD Focus Panel (Reversible Terminator Sequencing). Примечание: