Набор AmoyDx® Comprehensive Panel

AmoyDx® Comprehensive Panel

Поддерживаемые платформы Illumina NextSeq 500, NovaSeq 6000.

Определяемые варианты генов приведены в таблице:

Особенности набора

Большие возможности – определяет мутации SNV/InDel/Fusion, SNP, MSI в образцах ткани/парафиновых блоках/ циркулирующей опухолевой ДНК
Превосходное решение для жидкой биопсии - определение варианто с частотой встречаемости аллелей 0,5%.
Высокая чувствительность и точность -благодаря использованию технологии ddCAP и системы коррекции UID (unique ID).

Назначение

Панель AmoyDx® Comprehensive Panel предназначена для качественного обнаружения однонуклеотидных вариантов (SNV), вставок и делеций (indels), фьюжен-генов и вариаций числа копий (CNV) в 110 генах, однонуклеотидных полиморфизмов (SNP) в 19 генах и определения статуса микросателлитной нестабильности опухоли (MSI) методом NGS. Данный набор позволяет обнаруживать SNV, Indels, фьюжен-гены, CNV, SNP и MSI в ДНК, выделенной из парафиновых блоков FFPE, а также обнаружение SNV, indels, фьюжен-генов и SNP в циркулирующей ДНК (цДНК), выделенной из плазмы, полученной из образцов цельной периферической крови с антикоагулянтом.

Принципы процедуры

Набор для тестирования основан на технологии двунаправленного захвата (ddCAP), которая представляет собой метод секвенирования следующего поколения, в котором используются биотинилированные олигонуклеотидные зонды для гибридизации с целевыми областями. Набор для тестирования предназначен для использования с фрагментированной гемомной ДНК (гДНК) или цоДНК. В процессе создания библиотеки каждая отдельная молекула ДНК помечается уникальным молекулярным индексом (UMI) на обоих концах, что обеспечивает высокую чувствительность при обнаружении вариантов за счет исключения амплификации нецелевых библиотек.

Для образцов ткани FFPE экстрагированная ДНК должна быть разрезана на короткие фрагменты. Для этого можно использовать механические методов (например, обработка ультразвук), либо ферментативное расщепление. После этого очищенная фрагментированная ДНК может быть использована для последующего приготовления библиотеки. Для образцов плазмы извлеченная вкДНК может быть использована непосредственно для последующего приготовления библиотеки.

Набор для тестирования включает реагенты и ферменты, необходимые для подготовки библиотеки. Сначала фрагментированную ДНК или цоДНК инкубируют с ферментом репарации концов и реагентами для получения фрагментов с тупыми концами и dA-хвостами, затем фрагменты ДНК лигируют с адаптерами с комплементарными dT-выступами, затем фрагменты ДНК, лигированные с адаптером, сортируют по размеру с помощью гранул AMPure, затем для обогащения библиотек проводится ПЦР-амплификация, и каждая библиотека помечается уникальным двойным индексом. Затем из обогащенного фрагмента получают библиотека. Процесс включает денатурацию двухцепочечной библиотеки, гибридизацию биотинилированных зондов с комплементарной ДНК-мишенью и обогащение захваченной ДНК-мишени с использованием микросфер со стрептавидином. Далее выполняется ПЦР для обогащение целевых библиотек.

После контроля качества (QC) отобранные библиотеки могут быть секвенированы на платформе секвенирования Illumina. Данные секвенирования можно анализировать с помощью системы анализа данных AmoyDx NGS (ANDAS) для обнаружения геномных вариантов в целевой области.

Информация для заказа

Область использования: Наборы для определения мутаций онкогенов методом NGS	Производство:	AmoyDx
	Метод:	NGS
	Объем:	24
	Кат. номер:	8.0682501X024I
Цена (с НДС 20%):	по запросу	В корзину
Наименование: Набор AmoyDx® Comprehensive Panel / AmoyDx® Comprehensive Panel. Примечание: