Реагенты для очистки и выделения нуклеиновых кислот New England Biolabs

Линейка реагентов Monarch® для выделения и очистки нуклеиновых кислот с использованием спин-колонок появилась в портфолио New England Biolabs почти 4 года назад. Но только сейчас компания порадовала нас набором для выделения геномной ДНК (гДНК). Такое томительное ожидание сполна окупилось превосходными характеристиками нового продукта, которым и посвящен наш обзор.

Мы уверены, что данный набор может стать любимым решением для выделения геномной ДНК в любой молекулярно-биологической лаборатории. Но особенно мы рекомендуем присмотреться к новинке тем, кто занимается нанопоровым секвенированием на приборах Oxford Nanopore Technologies.

Главные преимущества набора

• Выделение гДНК из широкого спектра биологических образцов: тканей, клеток, крови, грамположительных и грамотрицательных бактерий, дрожжей, слюны и буккального эпителия;
• Возможность очистки гДНК, выделенной фенольно-хлороформным методом, и ДНК-продуктов ферментативных реакций;
• Выход гДНК - до 70 мкг;
• Высокое качество выделенной гДНК: A₂₆₀/A₂₈₀ > 1,8 и A₂₆₀/A₂₃₀ > 2,0, длина 50-70 т.н.п., DIN ~9;
• Низкое содержание РНК в элюате (<1%);
• Объем элюции - от 35 мкл;
• В набор входят все необходимые реагенты, включая РНКазу A, но в то же время их можно купить отдельно;
• Выделенная гДНК подходит для использования в таких приложениях, как ПЦР, включая амплификацию длинных фрагментов, ПЦР в реальном времени, секвенирование следующего поколения (NGS), в том числе на платформах, позволяющих получать длинные прочтения (Oxford Nanopore Technologies, Pacific Biosciences®);
• Выделение занимает мало времени;
• Конечный элюат не содержит частиц силики;
• Отличное соотношение цена/качество.

Один набор для разных образцов

Согласитесь, это очень удобно, когда с помощью одного инструмента можно решить большой круг задач. Имея в распоряжении новый набор Monarch®, вам не придется для каждого типа образца подбирать индивидуальный метод выделения гДНК и приобретать дополнительные реагенты.

Высокий выход продукта можно ожидать даже для образцов тканей мозга, мышц и печени, которые обычно вызывают сложности при работе с наборами других производителей.

Отличное качество выделенной гДНК

Размер и целостность геномной ДНК, выделяемой с помощью спин-колонок, зависит, прежде всего, от качества исходного материала. При соблюдении рекомендаций, приведенных в руководстве пользователя набором Monarch®, можно ожидать, что пиковая длина (peak size) выделенных фрагментов гДНК будет превышать 50 т.п.н., а показатель DIN лежать в диапазоне 8,5-9,5.

Исключения составляют образцы слюны и буккального эпителия, которые изначально содержат большое количество мертвых клеток с деградированной ДНК.

Еще одной распространенной проблемой при выделении гДНК является высокое содержание РНК в конечном препарате. При работе с наборами других производителей этот показатель может достигать 30-90%. Наличие РНК в растворе ДНК может приводить к неправильной количественной оценке последней.

Связывающий буфер набора Monarch® на основе хаотропной соли характеризуется низким содержанием спирта. Это обеспечивает специфическое связывание с мембраной гДНК при минимальном связывании РНК. При дополнительной обработке лизата РНКазой А содержание РНК в элюате не будет превышать 1%.

Использование гДНК, выделенной с помощью набора Monarch®

Геномную ДНК, выделенную с помощью набора Monarch®, можно использовать в различных приложениях, в том числе:

• ПЦР, ПЦР-амплификация длинных фрагментов, ПЦР в реальном времени

Поддерживаемые протоколы

• Выделение геномной ДНК из клеточных культур;
• Выделение геномной ДНК из крови (в том числе, содержащей ядросодержащие эритроциты);
• Выделение геномной ДНК из тканей;
• Выделение геномной ДНК из грамотрицательных бактерий и архей;
• Выделение геномной ДНК из грамположительных бактерий;
• Выделение геномной ДНК из дрожжей;
• Выделение геномной ДНК из слюны;
• Выделение геномной ДНК из буккального эпителия;
• Очистка геномной ДНК, выделенной иными способами.

Особенности протоколов выделения

Протокол выделения гДНК с помощью нового набора Monarch® состоит из стандартных этапов (лизирование, связывание с мембраной спин-колонок, промывка и элюция), но имеет некоторые особенности.

Лизирование

Поскольку один лизирующий буфер не может одинаково эффективно лизировать биологические образцы разного типа, в состав набора для этих целей включены три буфера: для крови, тканей и клеток.

Буфер для лизирования тканей позволяет работать с образцами, истертыми в азоте, а также замороженными или стабилизированными реагентом RNAlater® кусочками тканей. При наличии в лизате нерасщепленного материала его необходимо центрифугировать перед нанесением на мембрану.

Связывание с мембраной спин-колонок и промывка

Связывание гДНК с мембраной осуществляется во время центрифугирования на низких скоростях, что увеличивает эффективность этого процесса. Сразу после этого проводят высокоскоростное центрифугирование, которое очищает мембрану от таких компонентов лизата, как белки, соли, углеводы.

Промывка мембраны состоит из двух этапов. При этом сразу после нанесения промывочного буфера колонку закрывают и переворачивают несколько раз, чтобы смыть возможные остатки предыдущих растворов со стенок и крышки.

Элюция

Основная особенность этапа элюции заключается в том, что для этих целей используют буфер, предварительно нагретый до 60°С. Это существенно увеличивает эффективность процесса, что особенно важно для длинных фрагментов ДНК, которые связаны с мембраной сильнее, чем короткие.

Рекомендуемый объем элюции – 100 мкл, но при необходимости он может быть снижен до 35 мкл с потерей выхода продукта до 20%.

Информация для заказа

Набор Monarch® для выделения геномной ДНК содержит все компоненты, необходимые для реализации поддерживаемых протоколов. В то же время, каждый компонент можно приобрести отдельно.

подготовленно по материалам ресурса www.skygen.com 

Наименование	Объем	Производство	Метод	Кат.Номер
Monarch DNA Gel Extraction Kit 50 preps		New England Biolabs		T1020S
Monarch® РНКаза A (20 мг/мл)	1 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3018 L
NEBNext Multiplex Oligos for Illumina (Index Primer Set 1) 24 rxns		New England Biolabs		E7335S
NEBNext Ultra II DNA Library Kit with Purification Beads 24 rxns		New England Biolabs		E7103S
NEBNext® Multiplex Oligos for Illumina (Unique Dual Index UMI Adaptors RNA Set 1)	96 tests	New England Biolabs		E7416S
NEBNext® Ultra™ II Directional RNA Library Prep with Sample Purification Beads	96 tests	New England Biolabs		E7765L
Буфер DNase I Reaction Buffer, 6 мл, New England Biolabs		New England Biolabs		B0303 S
Буфер Monarch® для лизирования клеток при выделении геномной ДНК	20 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3012 L
Буфер Monarch® для лизирования крови при выделении геномной ДНК	20 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3013 L
Буфер Monarch® для лизирования тканей при выделении геномной ДНК	34 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3011 L
Буфер Monarch® для промывки при выделении геномной ДНК	60 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3015 L
Буфер Monarch® для связывания при выделении геномной ДНК	65 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3014 L
Буфер Monarch® для элюции при выделении геномной ДНК	34 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3016 L
Буфер ThermoPol® для термофильных полимераз (10X, 6 мл), арт. B9004 S, New England Biolabs		New England Biolabs		B9004 S
Готовая смесь с Q5® HF для ПЦР (2X, 500 реакций), арт. M0492 L, New England Biolabs		New England Biolabs		M0492 L
ДНК модифицирующий фермент T4 полинуклеотидкиназа (10 000 е.а./мл, 500 е.а.), арт. M0201 S, New England Biolabs		New England Biolabs		M0201 S
ДНК модифицирующий фермент T7 эндонуклеаза I (10 000 е.а./мл, 250 е.а.), арт. M0302 S, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	M0302 S
ДНК модифицирующий фермент нуклеаза из ростков бобов фасоли (10 000 е.а./мл, 1 500 е.а.), арт. M0250 S, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	M0250 S
ДНК модифицирующий фермент экзонуклеаза T (5 000 е.а./мл, 250 е.а.), арт. M0265 S, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	M0265 S
ДНК модифицирующий фермент эндонуклеаза рестрикции BspQI, рекомбинантная (10 000 е.а./мл, 500 е.а.), арт. R0712 S, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	R0712 S
ДНКаза I (без РНКазной активности) 2000 е.а./мл, 1 000 е.а., NEB		New England Biolabs		M0303 S
Колонки Monarch® для выделения геномной ДНК	100 шт. + 200 пробирок для сбо	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3017 L
Магнитные шарики с иммобилизованным гидрофильным стрептавидином (4 мг/мл, 5 мл), арт. S1421 S, New England Biolabs		New England Biolabs		S1421 S
Модуль NEBNext® для выделения поли(А)+ мРНК с помощью магнитных шариков (96 реакций) (Реактивы для пробоподготовки по разработанному протоколу при секвенировании нового поколения (NGS)), арт. E7490 L, New England Biolabs		New England Biolabs		E7490 L
Набор Monarch® для выделения геномной ДНК	150 выделений	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3010 L
Набор Monarch® для выделения геномной ДНК	50 выделений	New England Biolabs	Молекулярная биология	T3010 S
Набор Monarch® для выделения ДНК из агарозного геля	250	New England Biolabs	Молекулярная биология	T1020 L
Набор Monarch® для выделения ДНК из агарозного геля	50	New England Biolabs	Молекулярная биология	T1020 S
Набор Monarch® для выделения плазмидной ДНК, 20 мкг	250	New England Biolabs	Молекулярная биология	T1010 L
Набор Monarch® для выделения плазмидной ДНК, 20 мкг	50	New England Biolabs	Молекулярная биология	T1010 S
Набор Monarch® для очистки ДНК-продуктов ПЦР и ферментативных реакций	250	New England Biolabs	Молекулярная биология	T1030 L
Набор Monarch® для очистки ДНК-продуктов ПЦР и ферментативных реакций	50	New England Biolabs	Молекулярная биология	T1030 S
Набор Monarch® для очистки РНК-продуктов ферментативных реакций, 10 мкг	100	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2030 L
Набор Monarch® для очистки РНК-продуктов ферментативных реакций, 10 мкг	10	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2030 S
Набор Monarch® для очистки РНК-продуктов ферментативных реакций, 10 мкг	100	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2040 L
Набор Monarch® для очистки РНК-продуктов ферментативных реакций, 10 мкг	10	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2040 S
Набор Monarch® для очистки РНК-продуктов ферментативных реакций, 500 мкг	100	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2050 L
Набор Monarch® для очистки РНК-продуктов ферментативных реакций, 500 мкг	10	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2050 S
Набор Q5® для сайт-направленного мутагенеза (-80С)	10 реакций	New England Biolabs		E0554 S
Набор для выделения высокомолекулярной ДНК из образцов ткани "Monarch®	50 реакций	New England Biolabs		T3060 L
Набор лабораторных реагентов для выделения ДНК из растений «DNeasy Plant Mini Kit (50)», арт. 69104, Qiagen		New England Biolabs		69104
Набор олигонуклеотидов NEBNext® Multiplex для платформы Illumina® с комплектом праймеров №1 (24 реакции) (Реактивы для пробоподготовки по разработанному протоколу при секвенировании нового поколения (NGS)), арт. E7335 S, New England Biolabs		New England Biolabs		E7335 S
Набор олигонуклеотидов NEBNext® Multiplex для платформы Illumina® с комплектом праймеров №2 (24 реакции) (Реактивы для пробоподготовки по разработанному протоколу при секвенировании нового поколения (NGS)), арт. E7500 S, New England Biolabs		New England Biolabs		E7500 S
Набор олигонуклеотидов NEBNext® Multiplex для платформы Illumina® с комплектом праймеров №3 (24 реакции)		New England Biolabs		E7710 S
Набор реагентов для выделения ДНК «DNeasy PowerBiofilm Kit (50)», арт. 24000-50, QIAGEN		New England Biolabs		24000-50
Пробирки Monarch® для сбора фильтрата II	100 шт.	New England Biolabs	Молекулярная биология	T2018 L
Протеиназа К высокой степени очистки (800 е.а./мл)	2 мл	New England Biolabs	Молекулярная биология	P8107 S
Фермент-полимераза AMV обратная транскриптаза (10 000 е.а./мл, 1 000 е.а.), арт. M0277 L, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	M0277 L
Фермент-полимераза фрагмент Кленова ДНК-полимеразы I (5 000 е.а./мл, 200 е.а.), арт. M0210 S, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	M0210 S
Эндонуклеаза рестрикции BbsI (10 000 е.а./мл, 300 е.а.), арт. R0539 S, New England Biolabs		New England Biolabs	Молекулярная биология	R0539 S